¿Qué es lo que se conoce hasta ahora de la mutación “N5017”, la nueva cepa de SARS-CoV-2?

Los indicios apuntan a que una nueva variante del SARS-CoV-2, el virus que causa la covid-19, está favoreciendo una mayor transmisión de la enfermedad en algunas zonas del Reino Unido. En consecuencia, el gobierno británico ha decidido endurecer las restricciones en algunas regiones, incluida Londres. Las personas que viven en esas áreas no podrán reunirse con nadie fuera de su domicilio durante las Navidades, mientras que las del resto del país solo podrán juntarse el día 25.

El primer ministro inglés Boris Johnson, y sus principales asesores científicos, han señalado que la nueva variante podría aumentar la transmisión de covid-19 hasta en un 70 % e incrementar el número de reproducción R en 0,4.

¿Qué sabemos hasta ahora?
Esta nueva variante se conoce como VUI–202012/01 o linaje B.1.1.7, y fue anunciada por primera vez, el 14 de diciembre, por el secretario de Salud británico Matt Hancock. Posteriormente fue confirmada por el Servicio de Salud y por el consorcio británico de secuenciación de la covid-19 (COG). Al volver a examinar las bases de datos del SARS-CoV-2, se supo que la primera muestra se tomó en el condado de Kent el 20 de septiembre.

La variante ha experimentado ya 14 mutaciones, incluidas siete en la proteína que interviene en la entrada del virus en las células humanas. Se trata de un número relativamente grande de mutaciones en comparación con las muchas variantes del SARS-CoV-2 actualmente en circulación a nivel mundial.

Hasta la fecha, los perfiles genéticos, o genomas, de esta variante se han secuenciado y compartido en gran medida desde el Reino Unido, pero hay más casos en Dinamarca y Australia. También se ha informado de un caso en los Países Bajos. Todos estos países han realizado grandes esfuerzos para secuenciar el genoma y es muy posible que estos análisis no reflejen la verdadera distribución de esta variante del virus, que podría existir en otros lugares sin haber sido detectada. Sabremos más a medida que se generen y compartan más genomas.
Gracias a los esfuerzos de intercambio de datos, la vigilancia genómica y los resultados de la prueba de covid-19 en el Reino Unido, parece que esta variante está comenzando a dominar las versiones existentes del virus y que puede ser responsable de un número cada vez mayor de positivos, sobre todo en las regiones donde se están disparando los contagios.

Siempre es difícil desentrañar la causa y el efecto de las transmisiones. Por ejemplo, los aumentos en la aparición de ciertas mutaciones pueden deberse a que los linajes virales que las portan aumentan en frecuencia solo porque son los que están presentes en un área donde la transmisión es alta, por ejemplo, debido a interacciones humanas.

Aunque esto todavía es solo una posibilidad, hay suficientes indicios preocupantes para justificar que esta variante obligue a una caracterización, vigilancia e intervenciones muy cuidadosas para frenar la transmisión.

¿Es más peligroso?
Chris Whitty, director médico de Inglaterra y asesor del Gobierno del Reino Unido, declaró que hasta la fecha no hay evidencia de que esta variante altere la gravedad de la enfermedad. Se está trabajando para confirmarlo.

¿Cómo se producen las mutaciones del virus?
Las mutaciones son parte natural de la evolución del virus. En el caso del SARS-CoV-2, estas mutaciones pueden surgir debido a errores aleatorios durante la replicación del virus o ser inducidas por proteínas antivirales dentro de las personas infectadas o mediante una mezcla genética, conocida como recombinación, aunque actualmente no se han detectado signos de recombinación en el SARS-CoV-2.

Se espera que la mayoría de las mutaciones del virus no tengan ningún impacto. Por ejemplo, cuando nuestro equipo evaluó los reemplazos de mutaciones individuales en más de 50 000 genomas de la primera ola de la pandemia, no detectamos ninguno que alterara significativamente la aptitud viral, es decir, la capacidad del virus para sobrevivir y reproducirse.

Sin embargo, de vez en cuando, una mutación, o en este caso una combinación particular de mutaciones, puede tener suerte y ofrecer al virus una nueva ventaja. Los virus que portan estas combinaciones de mutaciones pueden aumentar en frecuencia por selección natural si se da el entorno epidemiológico adecuado.

¿De dónde procede la variante?
Ahora mismo no lo sabemos. Hasta la fecha, los científicos no han identificado ningún virus estrechamente relacionado para respaldar la teoría de que la variante se ha introducido desde el extranjero. Los patrones de mutaciones observados apuntan más a un período prolongado de evolución adaptativa, probablemente en el Reino Unido, según los datos actuales.

Se han observado patrones de mutación similares a estos en la evolución del SARS-CoV-2 en pacientes con infección crónica con sistemas inmunitarios más débiles.

La hipótesis actual es que tal escenario de infección crónica, en un solo paciente, puede haber desempeñado un papel en el origen de esta variante, pero aún no existe confirmación en este sentido.

¿Cuántas variaciones de SARS-CoV-2 hemos encontrado?
Hay muchos miles de linajes del SARS-CoV-2 que difieren en promedio solo en un pequeño número de mutaciones definitorias. Sigue siendo cierto que el SARS-CoV-2 que actualmente circula por el mundo tiene poca diversidad genómica. Las sutilezas en las mutaciones de los diferentes linajes pueden, sin embargo, ser muy útiles para reconstruir patrones de transmisión.

Un ejemplo: una investigación al inicio de la pandemia utilizó asignaciones de linaje para identificar al menos mil introducciones de SARS-CoV-2 en el Reino Unido.

¿Por qué esta variante es diferente?
Es importante señalar que muchas de las mutaciones que definen la variante del Reino Unido se han observado antes en el SARS-CoV-2, incluso al principio de la pandemia.

Sin embargo, la variante o linaje del Reino Unido se define por un número y una combinación inusuales de mutaciones. Se ha demostrado previamente que una de estas mutaciones, N501Y, aumenta la unión del virus a los receptores en nuestras células. N501Y se secuenció por primera vez en un virus en Brasil en abril de 2020 y actualmente está asociado con una variante del SARS-CoV-2 que también está aumentando en frecuencia en Sudáfrica, un linaje independiente de B.1.1.7 que también es motivo de preocupación.

Las deleciones (tipos de mutación genética en las que se pierde material genético) identificadas en la proteína de la espícula de B.1.1.7 han aparecido en muchos otros linajes del virus con una frecuencia creciente y también se observan en infecciones crónicas donde pueden alterar la antigenicidad (estas deleciones también pueden estar asociadas con otras mutaciones en la región de unión de la proteína de la espícula del coronavirus, incluidas las observadas en infecciones entre visones de granja y una mutación que se ha demostrado que desempeña un papel en la capacidad del virus para evadir el sistema inmunológico en humanos. B.1.1.7 también alberga un gen ORF8 truncado, con deleciones en esta región asociadas previamente con una disminución de la gravedad de la enfermedad.

El efecto funcional de estas mutaciones y deleciones, particularmente cuando se encuentran en la combinación informada en B.1.1.7, aún está por determinar. El elevado número de mutaciones y el reciente aumento de la prevalencia de esta variante en particular, junto con la relevancia biológica de algunos de los candidatos a mutación, enfatiza la necesidad de un estudio en profundidad.

¿Afecta esto a la vacuna?
Por el momento no lo sabemos. Aunque debemos estar seguros de que las vacunas estimulan una amplia respuesta de anticuerpos a toda la proteína de la espícula, se prevé que su eficacia no se verá afectada significativamente por mutaciones. Esto ya se está probando. Sin embargo, existe una creciente evidencia de que otras especies de coronavirus estacionales exhiben cierta capacidad para escapar de la inmunidad durante períodos de tiempo más largos.

Por lo tanto, es factible que podamos llegar a un punto en el que se nos exija actualizar nuestras vacunas para la covid-19, como lo hacemos para la gripe, para reflejar las variantes en circulación en ese momento. Es demasiado pronto para decir si este será el caso, pero la secuenciación extensa del genoma, el intercambio de datos y la notificación estandarizada de variantes serán vitales para obtener respuestas.

//Lucy van Dorp, The Conversation